Yonathan Avishai ist in Israel geboren und aufgewachsen. Schon in jungen Jahren begann er, Klavier zu lernen, und entdeckte als Teenager den Jazz. Bereits im Alter von 14 Jahren gründete er eine eigene Band und trat in Clubs und auf Festivals in seinem Land auf. Er begleitete oft in Israel tourende amerikanische Musiker wie Walter Blanding Jr., Marcus Printup und Allan Harris und war Teil des Ensembles von Arnie Lawrence.
Er war Mitglied von »The Left Bank«, einer kooperativen Vereinigung von Musikern, die zur Förderung origineller Musik in Tel Aviv gegründet wurde. Diese Erfahrung führte zu einem Engagement für die sozialen und lokalen Aspekte der kulturellen Entwicklung. In Folge kam er 2001 im Rahmen eines europäischen Austauschprogramms in ein soziokulturelles Zentrum im Elsass.
Im Jahr 2002 zog Yonathan Avishai nach Frankreich, in die Dordogne, und engagierte sich in der dortigen Kulturszene. Er studierte Musiktherapie in Bordeaux und leitete anschließend Workshops in Einrichtungen für Sonderpädagogik, Grundschulen und Musikschulen, wobei er eine echte Leidenschaft für das Unterrichten und die Pädagogik entwickelte. Im selben Jahr gründete er mit Omer Avital, Avishai Cohen und Daniel Freedman das Quartett Third World Love. Die Gruppe spielte fünf Alben ein und trat in der ganzen Welt auf. Im Jahr 2006 nahm Yonathan Avishai ein Album mit dem Perkussionisten Bachir Mouhali auf: »Soledad« (Fresh Sound Records).
2008 erkundete er in Zusammenarbeit mit der Regisseurin Sharon Mohar das Feld von Musik und Theater. Daraus entstand die »Compagnie L’air du jeu« (The Playground Company), die 2010 eine Show für Kinder mit dem Titel »Il était une fois un gribouille« produzierte. Ebenfalls 2010 gründeten Yonathan Avishai und der Schlagzeuger Bertrand Noël ein Duo und nahmen eine CD mit dem Titel »The Lost Boys« (Cristal Records) auf.
2012 zog Yonathan Avishai um ins Département Yonne, Frankreich. Hier gründet er die Band Modern Times mit dem Bassisten Yoni Zelnik und dem Schlagzeuger Donald Kontomanou. Im Jahr 2015 erschien das erste Album von Modern Times mit dem Titel »Trio«. Weitere Alben folgten. Yonathan wurde vom Jazz Magazine zur »Révélation française de l’année 2017« gewählt.
Yonathan Avishai ist heute Teil des Quartetts von Avishai Cohen, mit dem er zwei Alben für ECM Records aufgenommen hat. Er wurde ebenfalls bei ECM unter Vertrag genommen, ein weiteres Trio-Album erschien dort Anfang 2019.
